Cytat:Poziom wód Bałtyku jest wyższy niż w Oceanie Atlantyckim i Morzu Północnym i wynika z jego śródlądowego położenia. Powodem jest zbyt słaba wymiana wód przez wąskie Cieśniny Duńskie aby nastąpiło pełne wyrównanie poziomów. Wody piętrzą się w cieśninach zależnie od kierunku wiatrów, które albo pchają wody oceaniczne lub na odwrót. Wysokość wód na Bałtyku zmieniają pływy morskie, które w południowej części morza sięgają kilku centymetrów, natomiast są znacznie większe na szerokości geograficznej Zatoki Fińskiej, gdzie podnoszą poziom wody o pół metra.

Bałtyk jest morzem burzliwym, a fale są krótkie i strome. Typowa wysokość fali wynosi 5 metrów, ale w czasie bardzo silnych sztormów sięga prawie do 10 metrów. 23 grudnia 2004 w czasie sztormu w rejonie północnego Bałtyku zarejestrowano pojedynczą falę o wysokości prawie 14 metrów. Bałtyckie sztormy są niebezpieczne dla żeglugi statków. W ostatnich latach podczas sztormu zatonęły trzy duże promy: 14 stycznia 1993 polski "Jan Heweliusz", 28 września 1994 estoński "Estonia", a 1 listopada 2006 roku szwedzki MS Finnbirch.

Temperatura wody powierzchniowej w zależności od pory roku wynosi od -0,5 do 18-20 stopni Celsjusza.

Lód skuwa Zatoki: Botnicką, Fińską i Ryską oraz zalewy i mniejsze zatoki. Grubość lodu dochodzi do 70 cm w północnej części Zatoki Botnickiej. Pokrywa lodowa formuje się tam w wąskim pasie przybrzeżnym, ale w centralnych obszarach każdego z tych basenów zalega już jedynie odmiana gęstej kry tzw. pak lodowy. Morze zaczyna zamarzać, najpierw przy brzegu, w połowie listopada, a rozmarza w maju, co obserwowano także w ostatnich latach. Wyspy północnego Bałtyku, jak Hiuma, Sarema i archipelag u wejścia do Zatoki Botnickiej uzyskują zimą połączenie z lądem stałym, jak np. na początku 2009 roku.