Myślę, że zależy to od konkretnej oferty banku i sieci afiliacyjnej. Ja zazwyczaj zakładałem konta poprzez stronę internetową, a po tym dokańczało proces rejestracji w apce. Chyba nie miałem okazji jeszcze tylko poprzez apkę zakładać konta...
Wiem, że niektóre apki normalnie reflink/cookie łapią. To już zależy jak daną apkę zrobiono. Pytałbym na Twoim miejscu opiekuna programu w sieci afiliacyjnej podając konkretną ofertę. Skoro oferują takie produkty to możesz zapytać jak to działa, myślę że wyjaśnią co i jak.
Ogólnie powinno wszystko działać. Sieć też nie zarobi jeśli Twojego refa apka nie złapie więc ...

Myślę że jakoś to rozwiązali technicznie, ale to już indywidualnie trzeba śledzić - dana sieć, jaki bank, która oferta.