Cytat:Józef Baka cz. II- ostatnie lata życia spędził w Wilnie, gdzie przeniósł się z nieznanych bliżej powodów. Wiadomości o tym okresie jego życia są dość liczne, ale fragmentaryczne i nieuporządkowane. Od 1756 lub 1768 mieszkał w domu profesorów przy jezuickim kościele św. Kazimierza. Prowadził aktywne życie podejmując bardzo wiele obowiązków duszpasterskich. Wciąż widziano go przede wszystkim jako misjonarza, nie jako poetę, przy czym zyskiwał coraz większą sławę także jako orator. 18 września 1739 wygłosił w Mińsku kazanie na wystawnych uroczystościach pogrzebowych marszałka Ignacego Zawiszy. 5 lutego 1762 wziął udział w barokowy sposób teatralnych uroczystościach pogrzebowych biskupa Zienkowicza. Nadal, choć już rzadziej, pełnił obowiązki misjonarza - w 1763 podróżował do Nowogródka jako missionarius aulicus (misjonarz dworski) wojewodziny Anny Ludwiki Radziwiłłowej. W 1765 był superiorem misji worończańskiej. Był kaznodzieją Bractwa Dobrej Śmierci przy kościele św. Kazimierza i katechetą przy tejże świątyni, a jego kazania zdobyły duże uznanie. Pełnił także (od 1766) funkcję prefekta kaplicy Bożego Ciała przy akademickim kościele św. Jana i prefekta Kongregacji Mieszczan. Po kasacie Towarzystwa Jezusowego pozostał w Wilnie, a Akademia Wileńska nadała mu tytuł doktora teologii (1773). Wśród tych licznych obowiązków zwracają uwagę związki Baki duszpasterstwem dobrej śmierci, znajdujące wyraz w całej jego twórczości. Zmarł nagle 2 czerwca 1780 podczas pobytu w Warszawie, gdzie przybył na krótko. Nie wiadomo, co go tam sprowadziło - według dostępnych źródeł nigdy wcześniej nie opuścił Litwy. O śmierci i pogrzebie ks. Baki informowała "Gazeta Warszawska" (1780, nr. 46), określając jego śmierć jako "pobożną i przykładną". Jest pochowany w Warszawie w jezuickim kościele Matki Bożej Łaskawej przy ulicy Świętojańskiej (w podziemiach; grób dziś nieoznakowany).