Cytat:Anna Jagiellonka cz. III- owdowiała w 1586 roku. Anna teoretycznie mogła nie zgodzić się na bezkrólewie i sama objąć rządy ze względu na fakt ogłoszenia jej "królem" w czasie elekcji w 1575 roku, jednak z tej możliwości nie skorzystała i zrzekła się własnych praw do korony, popierając kandydaturę swojego siostrzeńca, królewicza szwedzkiego Zygmunta. W okresie bezkrólewia była najważniejszą osobą, na poparcie której mógł liczyć interrex Stanisław Karnkowski. Anna chorowała jednak w tym okresie i pomagała prymasowi jedynie sporadycznie, m.in. 3 marca 1587, kiedy załagodziła tumult wywołany przez Stanisława Żółkiewskiego i Zborowskich. Po konsultacjach z Anną prymas na krótko przystąpił do grupy zwolenników kandydatury habsburskiej (koło prokonwokacyjne), po czym stwierdziwszy, że nie sprzeciwi się woli szlachty przystąpił do konkurencyjnego, tzw. koła czarnego, zrzeszającego osoby przeciwne Habsburgom i Zborowskim, które przekonał do wyboru na króla królewicza szwedzkiego Zygmunta. Zaraz po nominowaniu Zygmunta na ten urząd — 19 sierpnia 1587 — prymas niezwłocznie zawiadomił Annę o sukcesie[16]. Anna stanowczo sprzeciwiała się kandydaturze habsburskiej (nastąpiła wówczas bowiem podwójna elekcja — obok królewicza szwedzkiego wybrano także arcyksięcia Maksymiliana z dynastii Habsburgów), co szczególnie uwidoczniło się już po zwycięstwie zwolenników Zygmunta pod Byczyną, kiedy wspierała nawet hetmana Jana Zamoyskiego w kwestii ukarania jeńców polskich rekrutujących się spośród zwolenników arcyksięcia. Na tronie Polski, przy jej wydatnej pomocy, zasiadł jej ukochany siostrzeniec. Anna zakładała przy tym, że Szwedzi nie pozwolą na przyjazd młodego władcy do Rzeczypospolitej, a w takim przypadku pełnia władzy spoczęłaby w jej rękach jako regentki. W celu sparaliżowania akcji Habsburgów obiecywała małżeństwo arcyksięcia Maksymiliana z Anną Wazówną. Sprzeciwiała się także małżeństwu króla z protestancką księżniczką holsztyńską Krystyną, będąc jednomyślną w tym względzie z katolickimi senatorami Rzeczypospolitej. O ile tutaj Zygmunt III postąpił zgodnie z jej wolą, to w innych kwestiach okazał się on jednak odporny na wpływy ciotki, która dodatkowo w 1592 popadła w ostry konflikt o tytuł królowej polski z Anną Habsburżanką. Ostatnie lata życia spędziła w Warszawie, gdzie też zmarła 9 września 1596 na rękach Zygmunta III. Na jej pogrzebie mowę wygłosił Piotr Skarga uznając, że dała piękny koniec i zamknięcie domowi Jagiellońskiemu. Pochowana w Kaplicy Zygmuntowskiej katedry wawelskiej. Była osobą niezwykle energiczną, dążącą za wszelką cenę do realizacji swoich zamierzeń. Przy tym bardzo pobożna, co podkreślił Skarga: sama kapłanom warszawskim za biskupa i wizytatora stała. Wspierała kontrreformację, walnie przyczyniając się do zaniku wpływów protestantyzmu na Mazowszu. W 1579 Skarga dedykował jej swoje Żywoty świętych.