Cytat:Anna Jagiellonka cz. II- nieoczekiwany obrót rzeczy uczynił ją jedną z faworytek drugiej elekcji. 12 grudnia 1575 prymas Jakub Uchański ogłosił królem Polski cesarza Maksymiliana II Habsburga. W swoich pactach conventach cesarz zobowiązał się ożenić swojego syna Ernesta z Anną. Jan Zamoyski pogodził nastawiony antyhabsbursko i zrażony do kandydatur zagranicznych obóz szlachecki, promując do polskiej korony Annę, nad którą mieliby czuwać (czyli de facto posiadać władzę królewską) „Piastowie”, wojewodowie: sandomierski Jan Kostka i krakowski Andrzej Tęczyński, jednak w wyniku kontrakcji Zborowskich miejsce tych ostatnich zajął książę siedmiogrodzki Stefan Batory. Ostatecznie 13 grudnia 1575 Anna okrzyknięta została na Rynku Starego Miasta w Warszawie królową Polski i wielką księżną litewską. Jako posłowie z ramienia szlachty przybyli do niej pytać się o jej zgodę reprezentujący stronnictwo prohabsburskie Jan Kostka oraz Jan Zamoyski, reprezentujący teraz stronnictwo Stefana Batorego. Wówczas miała podobno Anna wypowiedzieć frazę, „że woli być królową niż królewiczową”. Ostatecznie zaś dzień później szlachta uznała ją za króla „Piasta”, przydając jej za małżonka księcia siedmiogrodzkiego. Mikołaj Sienicki, podkomorzy chełmiński, marszałek koła rycerskiego, ogłosił decyzję szlacheckich elektorów, „królewnę za królową, a Stefana Batorego za króla polskiego i książę Księstwa Litewskiego nominował”. 1 maja 1576 Anna Jagiellonka poślubiła na Wawelu Stefana Batorego, a następnie została wraz z nim koronowana przez biskupa kujawskiego Stanisława Karnkowskiego w katedrze wawelskiej. Tego też dnia podpisała akt, w którym zobowiązała się zrzec dóbr odziedziczonych po matce i bracie, czego dopełniła dopiero na sejmie walnym w 1581. Uzyskała wówczas dożywotnie zaopatrzenie na dobrach litewskich i mazowieckich. Formalnie jako królowa Polski zajmowała pozycję równorzędną Stefanowi Batoremu, próbowała jednak uzyskać nad nim przewagę, m.in. zobowiązała posłów cudzoziemskich, aby najpierw jej składali swoje listy uwierzytelniające i przedstawiali legacje. Królowa początkowo pełniła również funkcję swoistego pośrednika między Stefanem Batorym a uczonymi z Akademii Krakowskiej, którzy próbowali utwierdzić króla, że zawsze stali po stronie Anny w okresie bezkrólewia. W 1584 odwiedziła ona siedzibę krakowskiej uczelni i wówczas doszło do przekazania przez nią Akademii bliżej nieokreślonych klejnotów. Odsunięta przez męża od biegu spraw państwa, skłaniała się ku jego przeciwnikom w osobach prymasa Polski i Litwy Jakuba Uchańskiego i referendarza wielkiego koronnego Stanisława Sędziwoja Czarnkowskiego, była też wrogo nastawiona do jego stronników, m.in. hetmana wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego. Pomimo tej niechęci, 12 stycznia 1578 na dworze Anny w podwarszawskim Ujazdowie doszło z okazji uroczystości weselnych Jana Zamoyskiego i Krystyny z Radziwiłłów do wystawienia, również w obecności króla, pierwszej tragedii napisanej w języku polskim — Jana Kochanowskiego Odprawy posłów greckich. Szczerze także współczuła hetmanowi po śmierci Krystyny. Również stosunki wewnątrzmałżeńskie pomiędzy Anną i Stefanem układały się źle. W chwili ślubu Anna była już osobą nienajmłodszą (miała wówczas ponad 50 lat), do tego uchodziła za osobę nie umiejącą wzbudzić zainteresowania, tak ze strony swoich negatywnych cech charakteru (w opinii współczesnych była nudną i zdewociałą starą panną), jak i wyglądu (uchodziła za brzydką). Zachowały się przekazy, że królowa potrafiła spędzać, gdy przebywali w tym samym miejscu, u drzwi do komnaty męża całą noc w oczekiwaniu na jego nadejście. Kwestia była szeroko znana, ponieważ królowa nie kryła się z niemożnością porozumienia ze Stefanem Batorym, w przeciwieństwie do tego ostatniego. Zamiast tego pojawiły się nieprawdziwe plotki o możliwym rozwodzie, do którego miał dążyć król namawiany podobno do tego przez Jana Zamoyskiego. Od 1575 za pośrednictwem przebywającego w Rzymie kardynała Stanisława Hozjusza uzyskała dodatkowo częściową spłatę sum neapolitańskich, pożyczonych swego czasu przez Bonę Filipowi II.