Cytat:Nosorożec jawajski cz. II- pierwsze badania poświęcone nosorożcom jawajskim przeprowadzone przez przyrodników miały miejsce w 1787, gdy dwa zwierzęta schwytano na Jawie. Czaszki wysłano do znanego holenderskiego przyrodnika Petrusa Campera, który zmarł dwa lata później, zanim zdążył opublikować swe odkrycie, zgodnie z którym nosorożce z Jawy stanowiły oddzielny gatunek. Kolejne osobniki złapał na Sumatrze Alfred Duvaucel, który wysłał je swemu ojczymowi, sławnemu francuskiemu naukowcowi Georgowi Cuvierowi. Ten, w 1822 roku, rozpoznał w nich nowy gatunek. W tym samym roku Anselme Gaëtan Desmarest opisał je jako Rhinoceros sondaicus. Był to ostatni zidentyfikowany gatunek nosorożca. Desmarest początkowo stwierdził, że zwierzęta pochodzą z Sumatry, później jednak przypisał znalezisko Jawie. Nazwa rodzajowa Rhinoceros, używana także w przypadku nosorożca indyjskiego, pochodzi ze starożytnej greki, a dokładniej od słów rhino oznaczającego "nos" i ceros znaczącego "róg". Epitet gatunkowy sondaicus odnosi się do biogeograficznego regionu sundajskiego obejmującego wyspy Sumatrę, Jawę, Borneo i wiele otaczających je mniejszych wysepek. Polska nazwa odnosi się do wyspy Jawy, podobnie angielska. W tym języku funkcjonuje także inna nazwa "Lesser One-Horned Rhinoceros" (mniejszy jednorogi nosorożec, dla odróżnienia od większego – nosorożca indyjskiego). Przodkowie obecnych nosorożców wyodrębnili się spośród nieparzystokopytnych we wczesnym eocenie. Badania porównawcze DNA mitochondrialnego sugerują, że rozdzielenie się linii prowadzących do dzisiejszych nosorożców oraz koniowatych nastąpiło około 50 milionów lat temu. Żyjąca obecnie rodzina nosorożcowatych pojawiła się w późnym eocenie w Eurazji, a przodkowie obecnie istniejących gatunków rozprzestrzeniali się w Azji od początku miocenu. Członkowie rodzaju Rhinoceros, nosorożce jawajski i indyjski, pojawili się po raz pierwszy w zapisie kopalnym pomiędzy 1,6 i 3,3 miliona lat temu. Badania molekularne z kolei sugerują, że rozdzieliły się one znacznie wcześniej, około 11,7 miliona lat temu. Należące do rodzaju typowego nosorożce jawajski i indyjski nie wydają się blisko spokrewnione z innymi gatunkami nosorożcowatych. Inne badania podniosły kwestię, że ich najbliższymi krewnymi mogły być wymarłe Gaindetherium lub Punjabitherium. Szczegółowe analizy kladystyczne nosorożcowatych umieszczają rodzaje Rhinoceros i wymarły Punjabitherium w kladzie z nosorożcem sumatrzańskim należącym do rodzaju Dicerorhinus. Inne badania z kolei mówią, że ten ostatni bliższy jest dwóm gatunkom afrykańskim. Nosorożec sumatrzański oddzielił się od azjatyckich około 15 milionów lat temu. Z kolei obie dzisiejsze populacje zamieszkujące Cat Tien i ujung Kulon rozdzieliły się w plejstocenie, pomiędzy 2000000 a 300000 lat temu. Wtedy tereny te stanowiły część prehistorycznego lądu Sunda, którego niższe tereny na skutek wahania się poziomu morza były okresowo zalewane, a wyższe tworzyły wyspy. Stan ten utrzymuje się obecnie.