Cytat:Polska zobowiązała się do wyznaczenia na swoim terytorium sieci Natura 2000 w Traktacie ateńskim z 16 kwietnia 2003 r., stanowiącym podstawę prawną przystąpienia Polski i dziewięciu innych krajów europejskich do Unii Europejskiej. Przepisy unijne stanowiące podstawę dla tworzenia sieci Natura 2000 zostały wprowadzone do polskiego prawa wraz z opublikowaniem ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody.

Przygotowania do wprowadzenia sieci Natura 2000 w Polsce rozpoczęły się już w końcu lat 90. Sporządzone zostały wówczas wstępne analizy zasobów siedlisk i gatunków wymagających ochrony w sieci. Prowadzone były także negocjacje na temat uzupełnienia przepisów unijnych o siedliska i gatunki wymagające ochrony w Polsce, a nieobecne w krajach starej UE i w konsekwencji też nie objęte ochroną ówczesnego prawa unijnego. W działaniach tych uczestniczyli przede wszystkim naukowcy z Instytutu Ochrony Przyrody PAN z Krakowa i urzędnicy Ministerstwa Środowiska.

Eksperci z Centrum Informacji o Środowisku UNEP/GRID i Instytutu Ochrony Przyrody w Krakowie opracowali w 2001 r. "Koncepcję sieci Natura 2000 w Polsce". Dokument
ten zawierał wstępną identyfikację i opisy obszarów, wykazy siedlisk i gatunków oraz form ochrony na obszarach proponowanych do sieci, także mapy przedstawiające umiejscowienie tych obszarów. W propozycji tej ostoje zajmowały 13,5% powierzchni kraju.

W latach 2002-2003 koncepcja sieci Natura 2000 w Polsce rozwijana była przez Narodową Fundację Ochrony Środowiska współdziałającą z Instytutem Ochrony Przyrody PAN w Krakowie oraz Zakładem Ornitologii PAN w Gdańsku i Centrum GRID – Warszawa. Naukowcy z tych ośrodków otrzymywali dane od Wojewódzkich Zespołów Realizacyjnych, to jest grup specjalistów, głównie przyrodników powołanych przez wojewodów do tworzenia koncepcji sieci w poszczególnych województwach. Dane te były zestawiane w formularzach (tzw. Standardowych Formularzach Danych) wymaganych przez Komisję Europejską. W trakcie tworzenia koncepcji sieci nie została przeprowadzona powszechna inwentaryzacja siedlisk i gatunków chronionych, a wszelkie prace
oparte były na materiałach publikowanych, dokumentacjach i wiedzy przyrodników współpracujących z wymienionymi organami.

W 2004 r. przeprowadzone zostały pośpieszne konsultacje społeczne, w trakcie których samorządy powszechnie wyraziły sprzeciw dla przedstawionych propozycji. Przygotowana koncepcja sieci obszarów chronionych została okrojona także po interwencji Departamentu Wodnego MŚ oraz Dyrekcji Generalnej Lasów Państwowych. W efekcie w maju 2004 rząd polski przekazał Komisji Europejskiej skromną w stosunku do projektu wyjściowego koncepcję sieci obszarów siedliskowych Natura 2000, a w lipcu 2004 ukazało się rozporządzenie wyznaczające ostoje ptasie z podobnie okrojonym zestawieniem obszarów.

Ograniczenie sieci Natura 2000 spowodowało niezadowolenie środowisk eksperckich i organizacji pozarządowych zaangażowanych wcześniej w jej tworzenie. Efektem tego była publikacja w grudniu 2004 r. tzw. listy cieni (Shadow List) obszarów Natura 2000. Opracowanie to zawierało krytyczny przegląd zatwierdzonego projektu oraz propozycje uzupełnienia sieci Natura 2000 adekwatnie do kryteriów unijnych.

Komisja Europejska wystosowała do polskiego rządu ostrzeżenie w związku z niedostatecznym poziomem wdrożenia programu Natura 2000. Wobec braku zdecydowanych działań naprawczych w kwietniu 2006 roku rozpoczęła "procedurę naruszeniową" przeciwko Polsce. W grudniu 2006 przesłano Polsce tzw. uzasadnioną opinię, co było ostatnim ostrzeżeniem przed wszczęciem procesu przed Europejskim Trybunałem Sprawiedliwości. Ponieważ i to nie dało oczekiwanych efektów w grudniu 2007 r. Komisja wniosła do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości skargę o niewystarczające wyznaczenie obszarów specjalnej ochrony ptaków przez Polskę.

Stanowisko Komisji Europejskiej spowodowało, że sieć Natura 2000 była sukcesywnie uzupełniana w kolejnych latach. Równocześnie także w miarę gromadzenia nowych danych dopracowywana była też Shadow List.

Do końca 2008 r. rząd Polski wyznaczył w drodze
rozporządzenia 141 obszary specjalnej ochrony ptaków oraz wysłał do Komisji Europejskiej 364 propozycje specjalnych obszarów ochrony siedlisk (stan na 2008 roku). Komisja Europejska decyzjami z listopada 2007, stycznia 2008 i grudnia 2008 zatwierdziła te obszary jako obszary mające znaczenie dla Wspólnoty, w wyniku
czego stały się one "pełnoprawnymi" obszarami Natura 2000.

W 2008 r. podjęte zostały prace nad kolejnym rozszerzeniem sieci specjalnych obszarów ochrony siedlisk. We wszystkich województwach powołano Wojewódzkie Zespoły Specjalistyczne, złożone z ekspertów, które opracowały projekt rozszerzenia sieci. 30 października 2009 r. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska przesłał do Komisji Europejskiej listę 466 nowych obszarów. W rezultacie siedliskowa część sieci wzrosła do 823 obszarów pokrywających ok. 11% powierzchni Polski. Minister uważał, że sieć jest już zamknięta, podczas gdy organizacje pozarządowe uważają, że trzeba jeszcze do niej dodać ok. 40-50 obszarów. W dniach 24-25 marca 2010 r. odbyło się Bilateralne Seminarium Biogeograficzne weryfikujące kompletność sieci specjalnych obszarów ochrony siedlisk w Polsce, wykazując wciąż istniejące braki. 18 maja 2010 r. organizacje pozarządowe, na podstawie wyników Seminarium, ogłosiły aktualizację "Shadow List" zawierającą 33 obszary niezbędne jeszcze do utworzenia i 22 obszary, których granice powinny być powiększone.