Cytat:Obszary Natura 2000 są obszarami ochrony określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz gatunków, tj. tylko te gatunki i siedliska są przedmiotami ochrony. Funkcjonowanie obszaru opiera się na trzech kluczowych obowiązkach:

Obowiązek oceny: Każdy plan lub przedsięwzięcie, które potencjalnie mogłoby wpływać na obszar Natura 2000, musi być - przed zezwoleniem na nie - ocenione pod kątem tego wpływu. Nie można zezwolić na realizację przedsięwzięcia, którego wpływ na obszar Natura 2000 byłby znacząco negatywny. Obowiązuje przy tym zasada ostrożności - wszystkie racjonalne wątpliwości muszą być interpretowane na korzyść ochrony obszaru, a przeciwko przedsięwzięciu; tj. do zezwolenia na przedsięwzięcie konieczne jest uzyskanie pewności, że znaczący negatywny wpływ jest wykluczony. Wyjątkowo, mimo znaczącego negatywnego wpływu przedsięwzięcia na obszar, można na nie zezwolić jeśli jego realizacja wynika z koniecznych przyczyn nadrzędnego interesu publicznego, nie ma możliwości zastosowania rozwiązań alternatywnych oraz zostanie zagwarantowana kompensacja przyrodnicza. Obowiązek ten wywodzi się z art 6(3) i 6(4) Dyrektywy Siedliskowej.

Obowiązek zapobiegania wszelkim pogorszeniom: Organ sprawujący nadzór nad obszarem Natura 2000 obowiązany jest zapobiec wszelkim pogorszeniom stanu siedlisk i znaczącemu niepokojeniu gatunków, będących w danym obszarze przedmiotami ochrony. Dotyczy to także zapobieganiu pogorszeniom spowodowanym przez czynniki naturalne, albo pogorszeniom w wyniku legalnej, nie wymagającej szczególnych zezwoleń działalności człowieka. Obowiązek ten wywodzi się z art 6(2) Dyrektywy Siedliskowej.

Obowiązek proaktywnej ochrony: Należy wprowadzić specjalne środki ochronne (np. regulacje prawne, systemy umów, działania ochrony czynnej, ustanawianie i wdrażanie odpowiednich planów), gwarantujące docelowo zachowanie przedmiotów ochrony we właściwym stanie ochrony. Obowiązek ten dla obszarów siedliskowych wywodzi się z art 6(1) Dyrektywy Siedliskowej, a dla obszarów ptasich - z art. 4 Dyrektywy Ptasiej.

W Polsce obowiązek oceny jest realizowany w formie postępowania administracyjnego; organem właściwym do orzekania o możliwości wystąpienia znaczącego negatywnego wpływu przedsięwzięcia na obszar, i tym samym de facto do rozstrzygania o możliwości realizacji przedsięwzięcia, jest Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska. Obowiązek zapobiegania pogorszeniom jest realizowany przez bieżące działania organów administracji i organów ochrony przyrody, w szczególności organów sprawujących nadzór nad danym obszarem. Dla wykonania obowiązku zapobiegania pogorszeniom i obowiązku proaktywnej ochrony przewiduje się sporządzanie i ustanawianie, dla każdego obszaru Natura 2000, co najmniej raz na 10 lat tzw. planu zadań ochronnych. W razie potrzeby, dla obszaru lub jego części, może być też sporządzany i ustanawiany na 20 lat plan ochrony.